U 2002 Tim Kemp je našao da je Subverzija bila jako dobar sistem kontrole verzija, ali je nedostajao dobar GUI klijent. Ideja za Subverzioni klijent kao Vindouz integrisanu školjku inspirisana je sličnim klijentom za CVS imenom TortoiseCVS. Tim je proučavao izvorni kod TortoiseCVS i koristio ga kao osnovu za TortoiseSVN. On je zatim pokrenuo projekat, registrovao domen tortoisesvn.org istavio izvorni kod onlajn.

U to vreme, Stefan King je tražio dobar i besplatan sistem kontrole verzija i našao Subverziju i izvorni kod za TortoiseSVN. Pošto TortoiseSVN još nije bio spreman za korišćenje on se pridružio projektu i počeo da programira. Uskoro je prepisao većinu postojećeg koda i počeo da dodaje komande i mogućnosti, sve do tačke gde ništa od originalnog koda nije ostalo.

Što je Subverzija postajala stabilnija privlačila je sve više korisnika koji su počeli da koriste TortoiseSVN kao Subverzioni klijent. Korisnička osnova raste brzo (i još uvek raste svaki dan). To je od kad je Lube Onken ponudio da pomogne sa lepim ikonama i logom za TortoiseSVN. On vodi brigu o vebsajtu i upravlja sa mnogo prevoda.

Vremenom, drugi sistemi kontrole verzija svi dobijaju svoj Tortoise klijent koji prouzrokuje problem sa ikonama prekrivačima u Eksploreru: broj ovakvih prekrivača je ograničen i čak jedan Tortoise klijent može lako da prevaziđe ovo ograničenje.Tako, kada Stefan King implementira TortoiseOverleje komponente koje dopuštaju svim Tortoise klijentima da koriste iste ikone prekrivače. Sada svi Tortoise klijenti otvorenog koda i čak neki ne-Tortoisnj klijenti koriste te deljene komponente.